Fin da giovanissimo, per tradizione familiare, si dedica a studi riguardanti l'ebraismo, le filosofie occidentali e orientali, l' esoterismo e la storia. Terminati gli studi liceali si interessa di musica, di cinema e dei linguaggi espressivi emergenti, in particolare del fenomeno definito, da linguisti come Tullio De Mauro, "lo slang giovanile… le nuove parole usate dai giovani".
E' del 1980 il suo primo libro, scritto in collaborazione con l' amico Emilio Dalmonte, titolato Pesta duro e vai trànquilo/Dizionario del linguaggio giovanile (Ed. Feltrinelli). Studia Darwin, Marx, Engels per poi innamorarsi di Trotzky. Al 1979-'80 risale il manifesto Del Visceralismo (edito da Walberti nel gennaio del 1981), movimento poetico-artistico, di area romagnola-ferrarese, del quale Gian Ruggero Manzoni è il portavoce. Alla stesura del manifesto partecipano i poeti e scrittori Gian Carlo Tugnoli, Gian Franco Fabbri ed Emanuele Gaudenzi, poi gli scultori e pittori Sergio Monari, Gianni Guidi, Sergio Zanni e Giovanni Scardovi, mentre, in un secondo tempo, è sottofirmato anche da Giovanni Barberini, dalla scultrice Alessandra Bonoli, dallo scultore Graziano Pompili.
Sempre nel 1981 esce a Parigi Science (verb total) et classicisme (continuè), manifesto poetico firmato da Gian Ruggero Manzoni e da sei intellettuali e artisti ebrei: Joseph Lebacarre, Isaie Toaff, Yacov Fesira, Nathan Ferrara, Max Argov, Samgard Funaro. Si lega in amicizia al pittore Omar Galliani col quale inizia una proficua collaborazione che durerà all' incirca dieci anni.
E' del 1983 l'incontro, a Londra, col graffitista Keith Harring poi l' entrata nella redazione della rivista romana Cervo Volante, edita dal pittore Tommaso Cascella nonché diretta, in un primo tempo, da Adriano Spatola, quindi da Corrado Costa, poi da Edoardo Sanguineti e da Achille Bonito Oliva. Frequentando il critico campano allaccia i primi contatti con gli artisti della Transavanguardia, in particolare con Enzo Cucchi e con Mimmo Paladino, poi con Nino Longobardi e con i galleristi Lucio Amelio di Napoli ed Emilio Mazzoli di Modena.
Risale, sempre ai primi anni '80, il farsi conoscere tramite la pittura (che Manzoni definisce "niente più che un prolungamento visivo della sua scrittura"). La prima personale, Il mercante di allodole/I sensi del visceralismo, è del 1981. Invitato da Maurizio Calvesi e da Marisa Vescovo, partecipa ai lavori della XLI Biennale di Venezia (anno 1984) curando, assieme al poeta Valerio Magrelli, la Sezione Poesia per Arte allo Specchio (catalogo Ed. Electa). Alla lettura poetica che chiude la Biennale sono invitati Andrea Zanzotto, Giovanni Giudici, Edoardo Sanguineti, Antonio Porta, Giovanni Raboni, Maurizio Cucchi, Maurizio Brusa e, naturalmente, Valerio Magrelli e Gian Ruggero Manzoni. In quegli anni inizia una stretta collaborazione con l' amico gallerista Cleto Polcina di Roma che lo porta a soggiornare spesso in quella città.
Conosce Gino De Dominicis, col quale s' intrattiene parlando d' antropologia e di cultura assiro-babilonese, quindi Kounnellis, Mario Schifano e Amelia Rosselli. Nel 1985 mette in scena Filokalia, testo poetico-teatrale da lui recitato. La prima si tiene a Udine, accompagnato alla chitarra da Nicola Franco Ranieri. In quel periodo il compositore Fernando Mencherini gli musica La religione del suono. La prima si tiene a Porto Venere. Torna in Germania dove conosce personalità artistiche del calibro di Penck, Lupertz, Beuys, Immendorff, Disler, Polke, Baselitz (partecipando a due seminari di pittura tenuti da quest’ultimo), quindi, di nuovo a Londra, avvicina Kenny Scharf, Bruce McLean e Jim Dine. Ritornato in Italia fa amicizia con Andrea Pazienza, fumettista, e Augusto Daolio, leader de I Nomadi nonché valido illustratore.
Nel 1986 è di nuovo invitato alla Biennale di Venezia (Arte e Scienza), inizia a frequentare Giovanni Testori quindi, assieme a Marisa Vescovo, Concetto Pozzati, Piero Dorazio, Roberto Sanesi, Vettor Pisani, Omar Galliani fonda la rivista Origini (Ed. La Scaletta) che dirigerà fino al 1998. Dal 1987, durante le sue letture poetiche, si fa accompagnare da musicisti jazz come Mario Gallegati, Nicola Franco Ranieri, Giorgio Ricci Garotti ai quali, nella seconda metà degli anni '90, si affiancano il pianista-compositore Guido Facchini e il cantante-vocalista dei Quintorigo John De Leo. Si lega, con profonda amicizia, a Lucrezia De Domizio e al di lei marito 'Buby' Durini. La compagnia teatrale Giocovita e Paolo Valli mettono in scena il suo testo Per colui che è, dedicato a Ezra Pound. La voce recitante è del regista Egidio Marcucci e le scene sono di Graziano Pompili. La prima si tiene a Piacenza. Nel 1988 è invitato a partecipare al convegno La nascita delle grazie, un evento organizzato a Riccione dai poeti Giuseppe Conte, Rosita Copioli, Mario Baudino, Roberto Mussapi, Tomaso Kemeny e da Stefano Zecchi (quelli che diverranno "lo zoccolo duro" del Mitomodernismo). Parte degli atti del convegno sono pubblicati in Origini. Nel 1990 inizia a frequentare gli ambienti artistici milanesi e diventa uno dei responsabile delle pagine culturali di Risk-Arte Oggi, giornale diretto da Lucrezia De Domizio Durini. Con Gianni Celati, già suo docente al DAMS, collabora alla realizzazione della rubrica di prose Narratori delle riserve per il quotidiano Il Manifesto.
Nel 1991 Fernando Mencherini gli musica Il codice. La prima si tiene nel 1992 a Lugo. Esecuzione al contrabbasso di Stefano Scodanibbio. Approfondisce gli studi riguardanti Gorgia, Hume, Stirner, i nichilisti russi Zajcev e Pisarev, quindi Nietzsche, Heidegger, Benn, Bakunin, Junger, Spengler, Carl Schmitt, Camus, Celine e i tanti teorizzatori moderni del Pensiero Forte. Inizia a collaborare come lettore con le edizioni Il Saggiatore. Il sodalizio termina nel 1999. Riallaccia i contatti con la Germania e, per un breve periodo, diventa responsabile per l' Italia della Scuola di Pensiero Liebe und Aktion, fondata nel 1901 a Berlino da H. Hoffmann e K. Fischer.
Nel 1993 è ad Atene per la prima edizione della Fiera Internazionale d'Arte Contemporanea. Al convegno d'inaugurazione recita un breve poema dedicato all' isola di Rodi. Conosce e comincia a collaborare con artisti come Giosetta Fioroni, Aldo Mondino, Giacinto Cerone, Arcangelo, Luigi Ontani, Jan Knap, Iller Incerti, Bruno Ceccobelli. Alla fine degli anni '90 conosce la cantante e musicista Miranda Cortes, famosa in Francia, Spagna, Germania e Italia per il suo repertorio di musiche etniche. Assieme a lei e al gruppo La Frontera metterà poi in scena, nel 2003, Gli addii, spettacolo teatrale con scenografie di Cesare Baracca. Partecipa ai lavori della rivista/almanacco di prose Il Semplice (Ed. Feltrinelli) diretta da Gianni Celati ed Ermanno Cavazzoni. A livello scultoreo inizia a realizzare vasi e formelle presso la storica Bottega di Ceramica Gatti di Faenza. Conosce il pittore tedesco Anselm Kiefer. Si reca di nuovo ad Atene poi a Rodi dov’è ospitato dall’architetto Lidio Guerreri Sutsos, già vicino al poeta Vassilikos. E' nella redazione di Letteratura-Tradizione (Ed. Heliopolis) quindi ne dirige tre numeri.
Nel 2000 esce in Germania, con l'editore Matthes & Seitz Verlag di Monaco di Baviera, il libro di poesie Il digiuno imposto, illustrato da Mimmo Paladino. Il libro viene presentato a Merano e a Brunnenburg, nelle sale del castello che fu di Ezra Pound, poi alla Fiera del Libro di Francoforte, a Berlino, Colonia, Monaco e in altre città tedesche. Il musicista Brian Eno si interessa del libro. Nel 2001 mostra di disegni alla sede dell' Italian Veterans Association di New York. Conosce Alessandro Scansani, direttore della casa editrice Diabasis www.diabasis.it. Credendo nello sviluppo culturale, aziendale e nella qualità di quelle edizioni ne diviene autore e socio.
Nell'ottobre 2002 è in Argentina e Uruguay per promuovere Il digiuno imposto tradotto in quei paesi dal poeta Pablo Anadon. A Buenos Aires il maestro Salvatore Accardo dedica un concerto a lui e a Mimmo Paladino. Sempre a Buenos Aires conosce il maestro Horacio Ferrer, direttore dell' Accademia Nazionale di Tango e poeta, nonché già amico di Piazzolla, Borges e Picasso, che lo omaggia con un tango dedicato alla sua poesia. Nel novembre del 2002 è a Berlino dove, presso il Museo Hamburger Bahnhof, legge sue poesie per l'arte del pittore di fama mondiale Anselm Kiefer.
Nel settembre 2003 vara il suo blog personale Oltre il tempo www.gianruggeromanzoni.splinder.com in cui raccoglie pensieri e considerazioni sul mondo della letteratura e dell’arte.
Nel 2004 crea un cenacolo letterario con i giovani poeti Andrea Ponso, Luca Nannipieri, Francesco Camerini, Rino Cavasino, Sebastiano Gatto, Luca Ariano, Danni Antonello, Alessandro Berton, Salvatore Scafiti, Davide Brullo. Quei lavori confluiranno nell’antologia/manifesto Oltre il tempo (Ed. Diabasis).
Nel 2005 entra a far parte del Comitato Scientifico per le Attività Culturali e Letterarie del Monastero di Camaldoli (AR). Dal 2006 riprende l'attività teatrale, mettendo in scena alcuni suoi monologhi di nuovo accompagnato dal cantante-vocalista John De Leo e dal chitarrista-compositore Nicola Franco Ranieri.
Nel 2007 intensifica l'attività pittorica, allestisce alcune sue mostre (anche in Svizzera) e ricomincia a frequentare gli ambienti artistici tedeschi.
Nel 2008 fonda la rivista ALI (dalle origini al cosmo – dalle origini all’abisso) Edizioni del Bradipo, quadrimestrale d’arte, letteratura e idee spedito ad oltre 2000 artisti, poeti, gallerie d’arte, critici, narratori italiani. Assieme a lui in questa nuova impresa editoriale lo scienziato Edoardo Boncinelli, il filosofo Stefano Moriggi, i critici d’arte Marisa Vescovo, Claudia Casali e Andrea D’Agostino, i critici letterari Paolo Lagazzi, Marco Sangiorgi, Giancarlo Pontiggia e Flaminio Balestra, il traduttore Marco Fazzini, il regista Nicola Maccolino, il pittore e poeta Salvatore Scafiti.
Sempre in quell'anno mette in scena il suo lavoro teatrale Il sonno di Macbeth, con la compagnia Abraxas. Prima nazionale al Teatro Savoia di Campobasso.
Lasciato il Comitato Scientifico per le Attività Culturali e Letterarie del Monastero di Camaldoli (AR), torna su posizioni più oltranziste, non ritrovando nel mondo ecclesiastico occidentale contemporaneo quella radice identitaria forte a cui si è sempre rifatto. La rivista ALI, che dirige, ricreatasi nell’organico, segue tale direzione.
Nel 2009 traduce dal greco antico, dal latino e dall’ebraico l’ ESODO biblico per le Edizioni Raffaelli di Rimini. Impresa titanica che lo impegna per oltre un anno. Sempre in quell’anno entra nella Direzione Allargata del Festival Internazionale di Arte Contemporanea di Faenza.
Nel gennaio 2010 riprende a operare per la Scuola di Pensiero tedesca “Liebe und Aktion”.
Alcune delle sue opere letterarie sono state tradotte e pubblicate in Grecia, Spagna, Francia, Germania, Gran Bretagna, Irlanda, Argentina, Uruguay, Cile. Ha vinto i premi letterari: Savignano Poesia Inedita (1986), Mont Blanc Narrativa Inedita (cinquina finalista 1993), Todaro-Faranda Narrativa Inedita (1996), Confesercenti-Bancarella Narrativa (2002), Città di Bari-Costiera di Levante Narrativa (2002), Francesco Serantini Narrativa (2004).